Naomi Munakata nasceu em Hiroshima no dia 31 de maio de 1955. Aos dois anos de idade ela se mudou com a família para o Brasil, e aos quatro anos de idade começou a estudar piano, dando início à sua história com a música. O pai de Naomi, o músico Motoi Munakata, era regente de um coro, onde a filha começou a praticar canto aos sete anos de idade.
Envolvida com a música desde pequena, aos 16 anos Naomi participava, simultaneamente, de cinco coros, que eram responsáveis por executar peças de compositores, estilos e épocas variadas. Durante sua formação, Naomi estudava canto, piano, harpa e violino, adquirindo uma vasta experiência que contribuiu para que ela se tornasse uma regente de renome.
A vocação para seguir a carreira de regente começou no ano de 1973, quando ela teve contato com grandes maestros, entre eles Eleazar de Carvalho, John Neschling, Sérgio Magnani e Hugo Ross. Em 1978, Naomi formou-se em composição e regência pela Faculdade de Música do Instituto Musical de São Paulo.
Sempre muito dedicada à profissão, a regente continuou seus estudos e seguiu aprimorando suas habilidades musicais estudando tanto no Brasil como no exterior. Em uma de suas especializações, ela foi orientada pelo maestro Eric Ericson, na Suécia, através do apoio financeiro da Fundação VITAE. Ainda dedicada aos estudos, em 1986 ela recebeu do governo japonês uma bolsa para estudar regência na Universidade de Tóquio.
No Brasil, Naomi foi regente do Coro da Osesp durante 20 anos. Ela também foi diretora e professora da Escola Municipal de Música de São Paulo, diretora artística e regente do Coral Jovem do Estado, regente-assistente do Coral Paulistano e professora na Faculdade Santa Marcelina e na FAAM.
Reconhecida por seu trabalho, Naomi recebeu o prêmio de Melhor Regente Coral, da APCA (Associação Paulista dos Críticos de Arte).
No dia 26 de março de 2020, Naomi Munakata morreu vítima de Covid. Apesar de para muitos ela ter virado apenas uma estatística que vem crescendo no Brasil ao longo dos últimos dois anos. Naomi, como tantos outros levados por essa doença, era muito além de um número e ficou eternizada como uma importante mantenedora da música no Brasil.